精子畸形率高的男性不一定不能懷孕，精子畸形率高是指精液中畸形率超過96%，主要影響受孕的概率，不是所有的精子畸形都不能懷孕。精子畸形率高的原因較多，如不良生活習慣、泌尿生殖系統(tǒng)感染、遺傳疾病等，需要進行積極治療。
1、不良生活習慣：抽煙、喝酒，長期熬夜、精神壓力大、運動量少等不良生活習慣，可能會導致精子質(zhì)量下降，出現(xiàn)畸形率高的情況，此時建議規(guī)律作息，避免熬夜，戒煙戒酒，適當運動，可以有效改善精子畸形率;
2、泌尿生殖系統(tǒng)感染：如附睪炎、前列腺炎、精囊炎、睪丸炎等疾病，可能會導致精液中白細胞、紅細胞、巨噬細胞等出現(xiàn)異常，導致精子畸形率高。建議進行積極治療，痊愈后精子畸形率下降，此時可以懷孕;
3、遺傳疾病：如染色體異常、基因異常等遺傳疾病，也可能導致精子畸形率高，這種情況不能懷孕;
4、其他：若存在精索靜脈曲張、睪丸扭轉(zhuǎn)、睪丸積液、輸精管梗阻、輸精管炎癥結(jié)核等情況，也可能導致精子畸形率高，此時建議進行詳細檢查后，采取針對性的治療措施，如睪丸扭轉(zhuǎn)的患者可進行手術治療。
精子畸形率高的男性可以去醫(yī)院男科進行精液常規(guī)檢查、泌尿系統(tǒng)檢查、激素檢查、染色體檢查等相關檢查，明確診斷后治療。
